La carga de refrigeración de un cuarto limpio no puede estimarse según los índices por unidad de superficie propios de la climatización de confort. El caudal de aire de suministro de un cuarto limpio suele determinarse primero en función del nivel de limpieza, del número de renovaciones por hora o de la velocidad del aire en la sección transversal, y a menudo resulta mayor que el caudal necesario para satisfacer únicamente la carga térmica y de humedad; el caudal de aire exterior debe tomarse, conforme a la GB 50073-2013, como el mayor valor entre "extracción más compensación de presión positiva" y "40 m³ por persona y hora", y no debe sumarse una segunda vez el aire exterior por persona. El recalentamiento no tiene por objeto alcanzar el punto de rocío de la máquina, sino reponer la temperatura de impulsión tras el enfriamiento excesivo del aire para la deshumidificación; la disipación de calor de los equipos de proceso, el incremento de temperatura del ventilador y el caudal de compensación de presión positiva deben calcularse por partidas separadas, de lo contrario la unidad resulta fácilmente sobredimensionada o infradimensionada.
La carga de climatización es el calor que debe extraerse de la sala por unidad de tiempo (carga de refrigeración), o el calor que debe introducirse en la sala en condiciones de calefacción (carga de calefacción), para mantener los parámetros térmicos y de humedad del interior dentro del intervalo requerido. Esta definición es válida tanto para la climatización de confort como para la climatización de limpieza de cuartos limpios. La diferencia radica en que, al variar el objetivo de control, también varían las partidas que concentran la mayor parte de la carga.
A continuación se desglosan ambas rutas desde el cálculo de cargas y el diseño del sistema. Los artículos relativos al caudal de aire exterior y a la diferencia de presión se verifican conforme a la GB 50073-2013; las cifras porcentuales que aparecen en el texto,